시스템 생물학 연구소 (Institute of Systems Biology)에서 개발 한 BioUML 기술에 기반하여,
Bioinformatics, System Biology 관련하여 “도구상자” 라는 개별 모듈을 통합하여 잘 정의된 기능들을 사용할 수 있는 플랫폼입니다.

신약 및 Biomarker 연구에 대해 서로 다른 유형의 데이터 (Transcriptomics, Proteomics, Epigenomics, Metabolomics)를
파이프라인 전체에 구축하기 적합한 도구상자를 제공 합니다.

왼쪽 아이콘을 클릭하시면 geneXplain platform의 소개영상을 확인하실 수 있습니다.

Main Features

  • 실험적 데이터를 모으고, 저장, 분석, 내보내기
  • Microarray, ChIP-seq, Protemoics, GWAS, NGS 또 그외 데이터 분석
  • TRANSFAC 데이터베이스를 이용하여 광범위한 Regulatory Genome Regions분석
  • Ontologies에 Mapping 또는 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
  • TRANSPATH 데이터베이스를 이용한 Network Clustering, Master Regulator Molecules, Potential Biomarker, Drug Target분석
    -> Up Stream Analysis
  • 100개 가량의 완성된 Workflow (Specific Pipelines)
  • 그래픽 프로그래밍을 이용한 사용자 고유의 Workflow 생성
  • 사용자의 JavaScript나 R Script를 추가하여 활용 가능
  • RNA-seq분석데이터를 Target Drug나 Network Analysis등 다양하게 확장하여 사용할 수 있는 유용한 Platform

Workflow management

상단 이미지는Gene Ontology (GO) Biological Process, GO Cellular Compartment, GO Molecular Function 그리고 Reactome’s functional assignments (오른쪽 참조)의 네 가지 Ontology를 사용하여 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)을 위한 작은 워크 플로우를 보여줍니다. 밝은 파란색 상자는 분석 기능 (프로그램 모듈, “Brick”)입니다. 녹색 상자는 입력 파일, 특히 사용자 정의 입력을 나타냅니다. 노란색 상자는 자동 전달 또는 출력 파일을 나타냅니다. 워크 플로우는 구성 요소를 드레그 하면 그래픽으로 연결할 수 있으므로 직관적으로 설정 할 수 있습니다.

New Release

Pre-release of TRANSFAC®, TRANSPATH® and HumanPSD databases (version 2018.2)
Update to Ensembl 91 database
Update to Reactome 63 database