2010 – 2019 © GeneXplain GmbH

TRANSFAC®은 eukaryotic transcription factor에 대한 가장 포괄적인 데이터베이스입니다.

Human Mouse, Rat, Yeast, Plant에 집중한 300종의 Transcription Factor와 miRNA의 논문, 4천2백만 개의 ChIP fragment database를 구축하고 있습니다. Transcription Factor Binding Sites(TFBS)의 예측이 가능하며, Transcription factor에 관한 풍부한 정보를 제공합니다. 또한 새로운 모티브 식별, 매트릭스 비교 및 miRNA 조절 인자 식별을 위한 도구를 제공하고 있습니다. 사용자의 유전자나 Promoter를 기반으로 Transcription factor binding Site를 예측하여 유전자 발현에 대한 연구 할 수 있도록 도와드립니다.

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Main Features

  • Find Binding Factors for Genes and Genes Bound by Factor, based on experimental evidence
  • Predict TF binding sites or composite elements within single DNA sequences or promoters (Match and CMsearch)
  • Find de novo motifs in sequence sets with the DECOD algorithm and compare them against TRANSFAC matrices
  • Analyze microarray DEGs, ChIP-seq and RNA-seq data for over-represented TF-binding sites (FMatch/Step-by-step analysis)
    → see geneXplain platform for extended functionality • Analyze gene sets for the presence of shared miRNA target sites
  • Download binding fragments from individual ChIP experiments, in FASTA or BED format, or lists of nearest genes

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TRANSFAC® Database

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Structures

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